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gDNA 的样品 QC

成功的全基因组测序和长读长 NGS 需要使用适当浓度的高质量基因组 DNA (gDNA) 起始材料。这些应用简报和技术概述介绍了如何通过 DNA 起始样品的质量评估确保成功完成 NGS 分析

棉花、大肠杆菌和人 gDNA 的分析

可以使用片段分析仪系统及其试剂盒对大小为 75 至 60000 bp 且不同浓度范围的 gDNA 进行质量分析。阅读应用简报了解更多信息。

小鼠 gDNA 分析

使用 4200 TapeStation 系统,在 5–100 ng/µL 的四到五种浓度下,对具有不同 DNA 完整性的三种小鼠 gDNA 样品进行了分析。下载技术概述,了解如何使用 DIN 分析小鼠样品。

高分子量 gDNA 分析

用基因组 DNA 165 kb 试剂盒通过快速方法分离的大片段 gDNA 如上图 A 所示。在图 B 中,使用扩展方法对相同样品进行了处理。了解如何使用 Agilent Femto Pulse 系统分离和分析高分子量 (HMW) gDNA。


cfDNA 的样品 QC

在对游离 DNA (cfDNA) 等样品进行低通量 NGS 时实施样品质量控制可以提供高质量的结果。这些应用和技术简报介绍了 %cfDNA 客观质量指标对 NGS 结果的影响。

Performance of the Cell-free DNA ScreenTape assay

A reference sample dilution series was created and assayed using the Cell-free DNA ScreenTape assay on the TapeStation system. The electropherogram profiles demonstrate concentration independence of the %cfDNA metric. Read the technical overview to learn more about %cfDNA.

人血清中 cfDNA 的分析

典型的 cfDNA 电泳图显示一个、两个或三个核小体片段。在本例中,片段分析仪系统的 HS 小片段试剂盒实现了健康人血清中三个 cfDNA 峰的良好分离。了解有关可靠的 cfDNA 分子量测定和分离的更多信息。

人血清中 cfDNA 的分析

在 Femto Pulse 系统上使用超高灵敏度 NGS 试剂盒对 cfDNA 的系列稀释溶液进行了测试。如上图所示,即使是低浓度样品,6 个片段的大小仍保持一致。了解如何分析低浓度的 cfDNA 样品。


总 RNA 的样品 QC

RNA 容易降解,因此在 RNA-seq、RT-qPCR 或微阵列芯片分析之前获得准确的 RNA 质量数据至关重要。这些应用简报介绍了 RIN、RINe 和 RQN 等质量指标,以及它们如何提供关键的总 RNA 结果。

大鼠肾脏 RNA 分析

上图为使用 4150 TapeStation 系统和 RNA ScreenTape 分析法分析从大鼠肾脏中提取的 RNA 样品得到的凝胶图。高 RNA 完整性计数当量 (RINe) 表示完整 RNA,低 RINe 表示降解 RNA。了解 RINe 的影响。

植物 RNA 完整性分析

使用植物 RNA 检测、RNA 6000 Nano 试剂盒和生物分析仪系统测试从向日葵根部提取的 RNA。电泳图显示了具有高分离度的高丰度 25S 和 18S 核糖体 RNA 峰。了解如何使用 RIN 评估植物总 RNA 完整性。

植物 RNA 降解分析

使用 5200 片段分析仪系统和 HS RNA 试剂盒对四个叶绿体 rRNA 峰(16S、23S、18S 和 25S)进行了分离。上方所示的电泳图还确定了样品中存在的 gDNA 污染。查看有关总 RNA 指标的更多信息,了解其中的原理。


小 RNA 和 FFPE 的样品 QC

评估样品的核酸质量对于制备成功的 NGS 文库至关重要。可以使用自动化电泳解决方案对复杂生物样品进行 QC 测试。这些文章探讨了 FFPE 和小 RNA 等样品类型的 QC 指标。

FFPE 组织的降解 RNA 分析

图中所示为从 FFPE 组织中提取 RNA 的 DV200 值。该指标代表组织从 200 至 8000 个核苷酸的 RNA 片段大小分布。采用 DV200 Nano 分析和 DV200 RNA Pico 分析配合生物分析仪系统进行 FFPE 测试。阅读技术概述了解详情。

来自人体组织的 FFPE RNA 样品的分析

DV200 质量指标表示超过 200 个核苷酸的 RNA 片段的百分比。电泳图所示为使用高灵敏度 RNA ScreenTape 检测从 FFPE 组织中提取的 RNA DV200阅读应用简报了解更多信息。

FFPE 样品的 gDNA 完整性分析

上图所示为从 15 个 FFPE 样品中采集的基因组 DNA 的电泳图。在全外显子组文库制备之前,使用基因组 DNA ScreenTape 检测和 4200 TapeStation 准确评估 gDNA 完整性。阅读应用简报了解更多信息。